Існує два способи зберігання гною — аеробний і анаеробний. При аеробному способі гній укладають в штабеля і не ущільнюють. Він швидко розігрівається і розкладається, що супроводжується великими втратами азоту (до 31,4%), спочатку внаслідок виділення аміаку, а в подальшому — вільного азоту, що утворюється в процесі відновлення нітратів. Втрати органічної речовини становлять до 40%. Тому аеробний спосіб застосовують рідко, в основному для обігріву в парниках.

При анаеробному способі гній укладають в штабеля шарами і кожен шар утрамбовують. Висота утрамбованого штабеля 1,5 — 2,5 м, ширина 3 — 4 м. Температура в гної при такому способі зберігання піднімається до 20 — 30°С. Процес перетворення сечовини в карбонат амонію, розкладання клітковини і інших вуглеводів до води, вуглекислого газу і менш складних органічних сполук протікає повільно, нітрифікація не відбувається, внаслідок чого різко скорочуються втрати азоту і органічної речовини.

Там, де гній доводиться зберігати протягом тривалого часу, анаеробний спосіб є основним. Він дозволяє отримувати напівперепрілий гній через 3 — 4 міс після закладки штабеля, а перепрілий — через 7 — 8.

Цей спосіб зберігання гною рекомендуємо також садівникам-аматорам. Завезений на ділянку гній треба відразу скласти в штабель, при укладанні пошарово добре утрамбувати і вкрити землею, торфом і поліетиленовою плівкою.

Для прискорення приготування полуперепревшего і перепрілого гною (якщо така потреба виникає), застосовують комбінований спосіб зберігання, тобто поєднують аеробний і анаеробний способи. При цьому клітковина руйнується досить швидко і повно, а втрати азоту в порівнянні з аеробним способом зберігання при дотриманні необхідних умов значно скорочуються. Свіжий гній укладають шарами спочатку пухко, а коли температура в шарі піднімається до 60° (зазвичай на 3 — 5-й день), сильно ущільнюють.

Висоту штабеля потрібно доводити до 1,5 — 2 м, потім штабель вкривають шаром торфу, скошеною травою та іншими органічними матеріалами шаром 20 — 30 см, При пересиханні поливають гнойовою рідотою. До ущільнення в штабелі йде інтенсивний аеробний процес розкладання за участю термофільних бактерій, втрачається деяка частина азоту і органічної речовини. Після ущільнення температура в штабелі знижується до 30 — 35°С, гній розкладається в анаеробних умовах. Щоб зменшити втрати азоту, треба збільшити дозу підстилки і при укладанні гною додати 1 — 3% суперфосфату або фосфорної борошна.